看病是個人私事還是政府責任？
課題組2005年報告的一個基本觀點即反對醫改全面市場化傾向，目前這一說法已基本獲得認同。衛生部原部長高強在2006年7月1日的報告會上，就已經改變了對醫改方向的措辭，要求“既要堅持政府主導，又要引入市場機制”。
通過近兩年的討論，全社會已形成共識：政府應承擔公共衛生及全民基本醫療。
2007年1月8日，在全國衛生工作會議上，高強指出，醫改要建立四項基本制度：建設覆蓋城鄉居民的基本衛生保健制度；建立國家基本藥物制度；建立多層次的醫療保障制度；進行公立醫院改革。
課題組認為，我國目前醫療保障制度的現實是，大部分社會成員仍沒有任何形式的制度化保障。正在實施的城鎮職工基本醫療保險制度和新型農村合作醫療制度都是以保大病（住院）為主，即使被這兩種制度所覆蓋的人，主要需要通過門診解決的常見病、多發病問題也沒有保障。我國應盡快構建面向全民的、以政府直接財政投入為主的、立足基層醫療衛生服務機構的基本衛生保健制度，使所有人的最基本醫療都能得到保障。同時，進一步發展、完善城鎮職工醫療保險和新型農村合作醫療。
目前有一種觀點認為，政府應主要針對貧困人口建立醫療保障和醫療救助制度。課題組認為，在大多數人尚缺乏保障的背景下，醫療保障制度應采取普惠制方式，否則會使遭遇疾病風險的其他社會成員“因病致貧”、“因病返貧”，進而帶來多方面經濟和社會問題。
預防為主還是無限救治？
預防為主還是無限救治？這不僅是一個醫學問題，也是一個經濟問題和倫理問題。
課題組認為，新中國成立至今，我國國民健康水平之所以有巨大提高，正是因為貫徹了“預防為主”的方針。而近20多年來，這一方針被忽視了。在我國經濟基礎尚不堅實的情況下，更應堅持這一方針，不然隨著老齡化的加劇，醫療衛生的資金壓力將會急劇加大。
課題組認為應該從兩個方面來貫徹“預防為主”的方針，一是加強公共衛生（包括對公眾生活方式的干預），防治結合，這些都體現在課題組建議的基本衛生保健制度設計中。二是在醫療保障中，應優先保障多發病、常見病。對于現代醫學無能為力或治療效果較差的，應采取保守治療。
我國目前的醫保有點尷尬。由于納入醫保的病種和用藥范圍有限，很多病人的用藥都在醫保范圍之外，報銷后的醫藥費還是讓市民難以承受，“小病不保，大病保不了。”
在此新一輪醫改熱潮中，對重點保大病還是保小病，各方意見不一。不少人認為，小病花費少，可以由個人和家庭力量來解決；大病花費多，只能通過完善醫療保障制度來解決。目前的城鎮職工基本醫療和新型農村合作醫療制度設計，都是按照這種思路設計的。
但也有人認為，在“大病免費，小病出錢”的政策下，患者和醫生都傾向于將“小病”當成“大病”治，從而造成醫療資源浪費。
在這兩種路徑之爭中，課題組傾向于后者，認為“大病免費，小病出錢”實際上是為少數人制定的政策，因為生大病的人畢竟是少數。為了保障大多數人的利益，同時立足于“人人享有基本衛生保健”的目標，作為政府發揮職能的醫療保障，只能定位于常見病、多發病。
那么，人們得了大病個人無力支付怎么辦？
課題組認為，應該靠基本醫療保障之外的制度去解決。應盡可能利用現有制度基礎，包括目前的城鎮職工基本醫療保障制度、新型農村合作醫療制度、商業保險及社會醫療救助等。通過政府鼓勵、相關政策優惠等，使盡可能多的人得到更好的醫療保障。
補患者還是補醫院？
醫療服務的籌資和付費方式是醫療保障的一個重點，也是目前爭議最多的問題。在醫療保障領域應該加強政府籌資已成為共識。但關鍵在于，如何讓政府投入變成公眾福利？具體來說，就是補貼供方（醫院）還是補貼需方（患者）？
“補患者”看似公平，但因為這種做法是公共資金跟著人頭走，必然帶來組織和管理成本過高的問題。“補醫院”的缺點則是，容易形成醫療衛生資源壟斷，導致醫療機構效率低下。
課題組認為，考慮到我國國情，應形成以“補醫院“為主的混合體制。基本醫療保障所需的資金，應當通過政府財政預算方式來籌集。
在基本衛生醫療層面，主要采取“補醫院”的方式，由基層醫療衛生服務機構直接提供基本免費的服務；而針對一些大病，則依托現有的城鎮職工基本醫療保險和新型農村合作醫療制度，繼續延用“補患者”的方式。但具體政策設計還需要進一步完善，比如逐步引入總額預付、按病種付費等，以更好地對服務提供方形成制約。
同時，在醫院引入競爭性人事制度、強化績效考評，強化政府和公眾監督，以形成對醫院的制約。
報銷還是預付？
在醫療保險中，付費方式如何選擇？目前，中國城鎮職工基本醫療保險以及新型農村合作醫療制度都是采取保險方式籌資，當參保人發生費用后，由承辦機構按照規定比例予以報銷，也就是報銷制。
這種做法帶來的問題是，對貧困家庭而言，籌錢看病成了首要難事。
課題組認為，應將報銷制統一改為預付制，患者看病只支付自負部分。有些地方已經開始嘗試。
認可差異還是追求公平？
中國是一個大國，城鄉之間、地區之間發展不平衡的問題非常突出。在這種情況下，醫療保障制度建設是認可差異還是追求統一，也是醫改的熱點問題。
這些年的相關制度設計，在不同地區和人群間，醫療保障的制度設計是不一樣的。課題組認為，要滿足所有社會成員的基本醫療服務需求，在基本保障層面必須突出公平性，即在所有人群中提供大致均等的保障服務。
當然，短期內做到完全統一是不可能的。但至少要解決兩個方面的問題：其一，通過國家財政預算投入實施的基本保障應基本做到全國一致。在此基礎上，允許個別地區通過自身財政力量提高某些保障標準。其二，基本保障以外，諸如以大病為主的保險等相關制度設計應該具有體制上的開放性，而不應簡單以戶籍為界。